Segundo jogo de plataforma 3D do Mario, após Super Mario 64. O jogo se passa na Ilha Delfino onde Mario, Peach, Toadsworth e mais alguns toads foram tirar férias. Um vilão que lembra o Mario entitulado Shadow Mario (Mario das Sombras) vandaliza a ilha inteira e Mario toma a culpa. Ele é encarregado de limpar toda a bagunça enquanto ainda precisa salvar a Princesa Peach das garras de Shadow Mario.