O jogo conta a história de um Pikachu falante que apesar de não ser tão poderoso como os outros Pikachus de sua espécie, é muito inteligente e diz ser um ótimo detetive. Um dia, ele encontra um garoto chamado Tim Goodman que entende o que ele fala (as outras pessoas só ouvem ele dizer "Pikachu!", eles acabam se tornando parceiros e vão investigar o sumiço de Harry, que é pai de Tim e era dono do detetive Pikachu.