Terceiro jogo da série e primeiro spinoff. Ele se passa entre os eventos de Banjo-Kazooie e Banjo-Tooie. Nesse jogo, a malvada Gruntilda viaja no tempo para prevenir os eventos de Banjo-Kazooie. O jogo tem a mesma mecânica dos anteriores, mas é apresentado em 2D em vez de 3D.