Primeiro jogo da série X de Mega Man, ele acontece cerca de 100 anos depois a série original. O jogo conta a história do protagonista Mega Man X, um andróide que faz parte de uma organização militar chamada "Maverick Hunters" junto com seu parceiro Zero. Os dois são caçadores de Mavericks, robôs que praticam atividades criminosas e são liderados por Sigma, que pretende extinguir a raça humana.